Spesso quando si visita Assisi, tutta l'attenzione è dedicata alla chiesa superiore ed inferiore di San Franceso, a Santa Chiara e a San Damiano.
Molto meno a San Rufino,la cattedrale di Assisi costruita in un sito dove sarebbe preesistente un tempio dedicato alla Bona Mater-. San Pier Damiani scrisse come in questo sito si trovasse una basilica con le spoglie di San Rufino dal 412.
La chiesa fu rifatta in forme più amoe nel 1036 e nel 1228 si arrivò alla consacrazione dell'altare maggiore da parte di Gregorio IX e nel 1253 fu consacrata l'intera chiesa da parte di Innocenzo IV. Infine nel 1571 la chiesa fu restaurata in srile neoclassico, così come oggi appare.
Stupenda è la facciata che è una delle opere più significative del romanico umbro,come quella di Spoleto.
La fascia inferiore risale al XII secolo con tre portali fiancheggiati da leoni e grifi scolpiti.
Il portale centrale ha una ricca ornamentazione con figure allegoriche e animali mostruosi. La lunetta ospita il Cristo in trono, tra il sole e la luna e la Madonna che allatta il bambino.
Il portale destro ha una lunetta con due uccelli che si abbeverano ad una fonte, mentre quello sinistro presenta due leoni attorno ad un vaso.
La zona mediana è occupata da tre rosoni, attorno ai quali si trovano con alcuni altorilievi, attorno a quello centrale Simboli degli evangelisti ed in basso tre telamoni.
La zona della facciata risale alla fine del XIII secolo ed è composta da una coronazione triangolare a capanna con all'interno un arco gotico.
Alla sinistra della facciata si eleva il maestoso campanile romanico,con la cella campanaria decorata con doppie bifore.
All'interno nell'abside si trova un imponente coro ligneo del 1520 con al centro il grande organo del XIX secolo. Sotto l'altare si trovano le spoglie di San Rufino d'Assisi.
Nella cattedrale si svolgono nel periodo pasquale cerimonie come la lavanda dei piedi e la deposizione del Cristo Morto scavigliato e deposto sopra un feretro
dalla cattedrale partono le processioni del Venerdì Santo, quella mattutina e quella notturna. Nella cattedrale vengono ricollocati nei rispettivi altari il Cristo Morto e la Madonna delle sette spadeInfine sempre nella cattedrale si svolge la veglia pasquale.